Prehistoria Gimnazjum im. Jana Pawła II sięga czasów odrodzenia Litwy na pocz. lat 90-tych ub. stulecia. W szeregach walczących o swą tożsamość narodową obok Litwinów stanęli również Polacy, od wieków mieszkający na Litwie. Idea odrodzenia narodowego sprzyjała dążeniu do nauczania dzieci w języku ojczystym. W przedszkolach powstawały polskie grupy, w szkołach z rosyjskim językiem nauczania pojawiało się coraz więcej polskich klas. Wynikła potrzeba zbudowania szkoły w nowych dzielnicach Wilna, która skupiłaby pod swym dachem wszystkich chętnych zdobywania wiedzy w ojczystym języku polskim.

W roku 1992 z inicjatywy rodziców oraz grupy działaczy polonijnych powołany został Fundusz Budowy Szkoły Polskiej w Wilnie, który rozpoczął starania nie tylko o uzyskanie niezbędnych zezwoleń, ale również próbował zdobyć środki pieniężne na budowę nowej placówki oświatowej. Dzięki ogromnemu zaangażowaniu i wysiłkowi Czesława Okińczyca, Bohdana Sobieskiego, Janiny Czyż, Adama Błaszkiewicza, Czesława Mickiewicza, Anny Milejszo, Krystyny Żabiełowicz, Henryka Malewskiego, Teresy Sokołowskiej  1 września 1994 roku ponad 1700 dzieci z rodzin polskich przekroczyło próg Szkoły Średniej im. Jana Pawła II, która usytuowała się przy ul. Rygos, na pograniczu dwóch dzielnic: Justyniszki i Wirszuliszki.

Budowa szkoły w latach 1992-1994 to nadzwyczajne wydarzenie na Litwie; to przykład inicjatywy społecznej, tolerancji i współpracy ludzi mieszkających w różnych krajach. Fundusze na budowę przeznaczył Rząd Litwy, Samorząd m. Wilna, ale również Senat RP, Stowarzyszenie „Wspólnota Polska”. Ofiarodawcami byli zarówno Polacy, mieszkający w różnych krajach świata, przede wszystkim w Polsce, jak też rodzice przyszłych uczniów, którzy ponadto nieodpłatnie wykonali szereg prac budowlanych.

O tym, iż szkoła była niezbędna, świadczą niepodważalne fakty: w roku szkolnym 1994/95 do pierwszej klasy zawitało prawie 300 maluchów (utworzono 12 klas), zaś 1 września 1997 roku na dziedzińcu szkolnym stawiło się 2225 uczniów klas 1-12.

Sukcesy odnoszone przez uczniów na konkursach i olimpiadach, angażowanie się w różnorodną działalność społeczną, wyniki egzaminów maturalnych, wysoki wskaźnik wstępujących na studia wyższe po uzyskaniu świadectwa dojrzałości zadecydowały o tym, iż szkoła zajęła godne miejsce wśród placówek oświatowych Wilna.

W 2002 roku w ramach reorganizacji szkół miasta Wilna i po przejęciu gmachu po szkole rosyjskiej powstały dwie niezależne od siebie placówki dydaktyczno-wychowawcze: Szkoła Podstawowa im. Jana Pawła II przy ul. Rygos 10 oraz  czteroletnia Szkoła Średnia im. Jana Pawła II przy ul. Druskio 11/7. Tym samym wszystkim uczniom stworzono warunki do nauki na jedną zmianę oraz poczyniono przygotowania do zmian jakościowych: celem  było zdobycie statusu gimnazjum.

Dzięki wspólnemu wysiłkowi nauczycieli, uczniów oraz ich rodziców po dwóch latach (w 2004 roku) szkoła zasłużenie uzyskała miano gimnazjum.

Gimnazjum im. Jana Pawła II w Wilnie to nowoczesna, przyjazna młodzieży placówka oświatowa, wychowująca uczniów w duchu europejskiej tradycji chrześcijańskiej, otwartych na świat, kreatywnych i lojalnych obywateli Litwy, w której proces dydaktyczno-wychowawczy na wszystkich szczeblach nauczania odbywa się w języku polskim.

25 kwietnia 2008 r. w holu szkoły został odsłonięty pomnik Jana Pawła II, dzieło artysty rzeźbiarza prof. Czesława Dźwigaja. Pomnik ufundowali członkowie krakowskiego Bractwa Kurkowego.

W związku z ogłoszeniem roku 2020 Rokiem Św. Jana Pawła II, rada gimnazjum w imieniu całej gimnazjalnej społeczności ubiegała się o przydzielenie placówce miana Św. Jana Pawła II. Wszelkie starania zostały uwieńczone sukcesem i 26 sierpnia nazwa Gimnazjum im. Św. Jana Pawła II została oficjalnie potwierdzona przez radę miasta Wilno.